根據(jù)新制度經(jīng)濟學，任何一項制度的制定、實施及其效果，會受到相關制度的制約和影響。因此每一項制度的制定和實施，既要考慮該制度本身，還要考慮其他相關制度的安排（包括正式制度和非正式的制度）。同時為了確保制度的有效性，還必須有一套強有力的制度實施機制。內(nèi)部審計制度作為公司治理制度的組成部分，其作用的發(fā)揮和有效程度的大小除決定于該制度本身的完善程度外，還取決于與其相關的制度結構，即其他的正式制度和非正式制度對內(nèi)部審計制度的制約和影響，以及該制度的實施機制。

　　風險導向型內(nèi)部審計的基本目的是幫助組織完成其目標，為此要披露相關的風險，并提出相應的改進建議。為了達到這一制度的目標，需要提供一定的條件，即內(nèi)部審計部門的獨立性和人員的客觀性，因此內(nèi)部審計章程必須獲得董事會的批準，以確保內(nèi)部審計部門的地位和活動不受限制。在此基礎上，內(nèi)部審計組織結構的設置也必須與其他制度安排相適應。內(nèi)部審計在公司治理結構中是不可或缺的部分，一個企業(yè)的內(nèi)部審計組織結構的設置，關系到內(nèi)部審計功能的發(fā)揮。不同階段、不同企業(yè)對內(nèi)部審計功能的需求也不同，因此，根據(jù)企業(yè)規(guī)模、管理方式、企業(yè)目標等實際情況，內(nèi)部審計組織結構的設置也有不同。在公司治理框架內(nèi)，常見的內(nèi)部審計組織結構有以下幾種：

　�。ㄒ唬┴攧湛偙O(jiān)領導的組織結構這種結構的內(nèi)部審計部門在公司治理框架內(nèi)層次較低，只能開展部分日常性的審計工作，不能直接為經(jīng)營決策者服務，更多地是履行檢查功能，并未涉及內(nèi)部審計的確認與咨詢活動，獨立性較差。一般多見于企業(yè)規(guī)模較小、股權結構簡單的企業(yè)。

　　（二）總經(jīng)理領導的組織結構這種結構的內(nèi)部審計部門地位比財務總監(jiān)領導的內(nèi)部審計部門來得更高，更接近于經(jīng)營管理層，能直接為日常經(jīng)營決策服務，審計的范圍主要是經(jīng)營審計和總經(jīng)理對董事會財務責任的審計。這種結構有利于發(fā)揮內(nèi)部審計在提高經(jīng)營管理水平方面的作用，保持了審計的獨立性和較高的組織地位，但難以對總經(jīng)理的受托管理責任進行獨立的監(jiān)督和評價。

　�。ㄈ�）監(jiān)事會領導的組織結構在現(xiàn)代公司治理結構中，股東大會及各利益相關方作為委托人，分別將各自的資源交董事會代理，并委托與董事會平行的監(jiān)事會對其進行監(jiān)督。這一結構的內(nèi)部審計部門地位較高，有利于履行內(nèi)部審計的檢查、評價、鑒證功能，監(jiān)事會也能夠更好地利用內(nèi)部審計工作履行其自身職能。但這種結構下，由于監(jiān)事會屬于公司高層制衡機制組成部分，不參與公司的日常經(jīng)營管理，相應地內(nèi)部審計部門不能直接服務于經(jīng)營決策，難以通過內(nèi)部審計改善經(jīng)營管理、提高經(jīng)濟效益的目的，從而難以實現(xiàn)其對企業(yè)的增值功能。

　�。ㄋ模┒�事會或董事會下設的審計委員會領導的組織結構董事會是公司的經(jīng)營決策機構，其職責是執(zhí)行股東大會的決議，決定企業(yè)的生產(chǎn)經(jīng)營策略等重大事項，在公司治理結構中地位較高。審計委員會作為隸屬于董事會下的一個專業(yè)委員會，代表董事會對管理層進行監(jiān)督，同時制衡董事會的內(nèi)部董事。董事會或董事會下設的審計委員會領導的內(nèi)部審計部門能夠保持較高的獨立性、權威性和組織地位，更強調(diào)完成董事會的責任，有利于內(nèi)部審計的檢查、評價、監(jiān)證和咨詢功能的發(fā)揮，如圖4所示。但這種組織結構下無法監(jiān)督董事會的受托責任，在一定程度上限制了內(nèi)部審計的檢查、評價功能。

　　（五）雙重領導的組織結構以上的幾種組織結構都不能同時平衡內(nèi)部審計職能與獨立性之間的關系，因此產(chǎn)生了一種新的組織結構——雙重領導的內(nèi)部審計組織結構，即在業(yè)務上向審計委員會報告業(yè)績，在職能上向總經(jīng)理負責并報告工作。這種雙向負責、雙軌報告、保持雙重關系的組織結構，符合公司治理對其履行報告受托責任的要求，能夠最大限度地發(fā)揮內(nèi)部審計的檢查、評價、鑒證和咨詢的功能，而且保證了內(nèi)部審計的獨立性。